Comayagua é o nome de um departamento, um município e sua capital na República de Honduras. Tem sua origem no dialeto Lenca e significa "terra baldio de água".
Em Honduras é o nome de um departamento (anteriormente também uma delegacia de polícia e província) e um município. Na língua lenca significa "Deserto de água abundante". Também é chamada de La Antañona, devido à sua antiguidade.